与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、...

世上出现了一种怪病，人一旦感染六十天后就会石化死去。这种名为“美杜莎”的奇症死亡率高达百分之一百。为了能控制局势，束手无策的政府只能将希望寄托在未来，选拔一批人让其沉眠，派他们去未来获得治疗之法。少女小霞的双胞胎姐姐小雫...

时为十六年前。戴着面具的神秘男人将巨大的魔兽·九尾解放出来，遭受九尾袭击的木叶忍者村面临毁灭的危机。守护村子的方法只有一个。身为村子首领的第四代火影·水门，与其妻·玖辛奈一起，将九尾封印至出生不久的儿子·鸣人身上。二人以...

鸣人接下纲手下达的任务，和小樱一起追踪拔忍蜈蚣。他们追着蜈蚣来到了沙漠中的废墟“楼兰”，而蜈蚣的目标正是沉眠于楼兰地底的龙脉。龙脉拥有巨大的能量，蜈蚣将龙脉解封，能量的漩涡把进入废墟探查的鸣人吸了进去。鸣人从昏迷中醒来，...

故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着……...